Hola Enrique, en mi opinión es difícil desarrollar un plugin para Moodle sin usar mucho código de Moodle (por ejemplo, la librería de formularios de Moodle, el sistema de renderizado para mostrar plantillas, etc.) Moodle también se encarga de muchas otras cosas que tendrías que manejar tú mismo en una aplicación independiente: autenticar usuarios, controlar qué usuarios pueden acceder a qué actividad, etc.
En un respuesta anterior se te señaló que podrías desarrollar tu plugin como una aplicación independiente, y luego incluirla en Moodle usando LTI.
Pero, ojo, al revés también es posible. Es decir, si desarrollas tu aplicación como plugin de Moodle, entonces puedes usar Moodle como proveedor de LTI, para permitir que la actividad sea usada desde otros sistemas.
Nosotros te podemos ayudar en cualquiera de los casos, porque tenemos experiencia en ambos. Contáctanos si estás interesado.
Saludos.